Республика Башкортостан очень богата водами, главным образом реками, а также источниками, озерами.
Большинство рек Башкирии относится к бассейну Каспийского моря, только реки крайней северо-восточной части Зауралья принадлежат бассейну Северного Ледовитого океана (реки Миасс и Уй). Всего в крае насчитывается более 600 рек. Больше всего рек в западной части Южного Урала. Наиболее крупные из них начинаются в районе гор Иремель и Яман-Тау. Горные реки имеют большие уклоны, быстрое течение. В их руслах часты пороги, водопады, нагромождения камней. Выйдя на равнины Предуралья и Зауралья, реки постепенно уменьшают скорость течения, долины их расширяются, в них появляются излучины, наиболее широкие поймы и террасы.
Главными источниками питания рек являются атмосферные осадки. Часть их просачивается и пополняет запасы подземных вод, которые также питают реки, особенно зимой. Больше всего воды реки несут весной, когда тают снега. Горные реки иногда сильно повышают свой уровень летом и осенью после сильных дождей. Некоторые равнинные реки в засушливые годы пересыхают.
Основная река Башкирии - Белая (Ак-Идель). Свое название она получила за беловато-серебристый цвет воды, обусловленный растворением в ней известковых пород. Белая берет свое начало на склоне хребта Аваляк, течет на юг, затем поворачивает на запад, выходит в Предуралье и устремляется на север, а от города Уфы - на северо-запад и впадает в Каму. Река принимает много притоков. Справа в нее впадают Тирлян, Нура, Нугуш, Зилим, Сим с Инзером, Уфа с Айем и Юрюзанью, Быстрый Танып, слева - Кана, Уршак, Дема, Кармасан, Чермасан, База, Сюнь. Самым крупным из них является река Уфа, которая по водоносности превышает реку Белую до впадения в нее реки Уфы.
Озер в Башкирии более 1000. Крупные озера имеются в Зауралье, где они заполняют различные понижения рельефа. Наибольшие из них Банное, Мулдаккуль (Соленое). В Предуралье имеются многочисленные карстовые озера. Самые крупные из них Аслы-Куль и Кандры-Куль. В речных долинах Предуралья часто встречаются озера - старицы, образовавшиеся на месте покинутого рекой русла. Много в Башкирии и прудов.
В Башкортостане насчитывается около 50 минеральных источников. Часть из них используется для лечебных целей.